يمكن إيضاح أهم وظائف المراجع الداخلي فيما يلي :
1. تقييم نظم الضبط الداخلي والحسابي , وذلك بهدف :
أ . التأكد من أن النظام المحاسبي ونظم الضبط الداخلي سليم .
ب . التأكد من أن هذه النظم هي الأنسب للمنشأة .
ج . اقتراح التحسينات لهذه النظم أولاً بأول .
2. تقييم الخطط والإجراءات :حيث أن هدف هذه الوظيفة هو العمل على اكتشاف نقاط الضعف أو النقص في النظم والإجراءات التي تستخدمها الشركة يقصد اقتراح التعديلات والتحسينات اللازمة ولا يقتصر الفحص على فحص أنظمة المحاسبة أو نظم الرقابة الداخلية بل يجب أن تعطي المراجع الداخلي السلطة اللازمة لفحص جميع أوجه نشاط المنشأة .
3. مراعاة التزام الموظفين للسياسات والإجراءات المرسومة :حيث أن المراجع الداخلي يقوم بمراقبة تنفيذ السياسات والإجراءات وتوضيح هذه السياسات للموظفين في حالة الاعتراض عليها .
4. حماية أموال المنشأة :حيث أن وضع وتنفيذ النظم السليمة للمراقبة الداخلية يكفل للمنشأة حماية أصولها وأموالها ضد ما قد يرتكبه الموظفون من تلاعب أو اختلاس , وحماية أموال المنشأة لا تقتصر فقط على اكتشاف الغش أو تعقبه ولكن تتمثل أيضاً في تفادي الخسائر الناشئة عن الإهمال أو إساءة الاستعمال مثل خسائر التخزين غير السليم .
